一、加工贸易备案流程：
（1）经营单位持加工贸易合同等有关材料向其商务主管部门登记审批，申领《加工贸易业务批准证》；
（2）经营单位开展进料加工还应持商务主管部门的批件向税务主管部门登记备案，以供产品出口后退税使用；
（3）经营单位持加工贸易合同等有关材料并根据海关的有关要求，认真填写预录入的有关表格，及时将合同基本情况通过预录入部门录入到与海关联网的计算机内；
（4）经营单位持商务主管部门的批件（如开展进料加工还应持税务主管部门的批件）和加工贸易合同等有关材料（具体详见合同登记备案所应交验的单证）及预录入的有关表格向主管海关申办加工贸易合同的登记备案；
（5）经海关审核同意备案后，经营单位持海关开出的《银行保证金台帐开设联系单》到指定的中国银行或授权的分行、支行开设保证金台帐；开设台帐后，由中国银行开出《银行保证金台帐开设通知单》交经营单位；
（6）经营单位持中国银行开出的《银行保证金台帐开设通知单》向主管海关申领加工贸易《登记手册》；
（7）海关向经营单位核发加工贸易《登记手册》。 

其中海关办事程序：向海关提交备案文件－海关审核单据是否齐全－预录入－海关初审－海关复审－科长审核（限制类或超500万元人民币金额备案需处长审批）－打印台帐（企业到银行柜台缴纳银行保证金台帐）－海关登记台帐，核发加工贸易登记手册。  

二、加工贸易合同登记备案所应交验的单证：
（1）商务主管部门签发的《加工贸易业务批准证》包括《进口料件申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单》；
（2）商务主管部门出具的《加工贸易加工企业生产能力证明》；
（3）经营企业对外签订的合同或协议；
（4）经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同；
（5）企业已签章的空白《登记手册》；
（6）限制类商品或超过一定备案金额需提交《加工贸易审批表》（备案时海关明示）；
（7）如需外发加工，提前向海关申请，并提交《加工贸易货物外发加工申请审批表》；
（8）海关按规定需要收取的其他证件和材料。